Η Ιατρική Σχολή ιδρύθηκε το 1919 και ονομάστηκε Πανεπιστήμιο Comenius από τον παγκοσμίου φήμης εκπαιδευτικό Jan Amos Comenius

Κύρια προτεραιότητα της Ιατρικής Σχολής Μπρατισλάβα του Πανεπιστημίου Comenius στη Μπρατισλάβα είναι η εκπαίδευση μελλοντικών ιατρών που αντιλαμβάνονται το επάγγελμά τους ως αποστολή. Ως εκ τούτου, η Ιατρική Σχολή της Μπρατισλάβας δεσμεύεται να είναι όχι μόνο μια βάση διδασκαλίας που παρέχει υψηλής ποιότητας γνώσεις στα σημερινά επίπεδα της ιατρικής επιστήμης, αλλά και ένα αναδυόμενο ίδρυμα που διαμορφώνει το ηθικό και προσωπικό προφίλ των αποφοίτων της. Επιπλέον, η συγκεκριμένη Ιατρική Σχολή της αποτελεί βάση για την έρευνα που προέρχεται από τη σχολή και συμβάλλει στη διαμόρφωση ερευνητικών σχέσεων μεταξύ φοιτητών και διδασκόντων. Η θεραπευτική-προληπτική προσέγγιση της σχολής αντιπροσωπεύει την εφαρμογή των θεωρητικών και πρακτικών γνώσεων στην καθημερινή ιατρική πρακτική που θα πρέπει να υπερβαίνει σημαντικά τον εθνικό, και σε ορισμένους τομείς και τον ευρωπαϊκό, μέσο όρο.

Ο ρόλος της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Comenius της Μπρατισλάβας είναι να παρέχει προπτυχιακή γενική ιατρική εκπαίδευση καθώς και μεταπτυχιακή εκπαίδευση μέσω μαθημάτων εξειδικευμένων σπουδών στα επαγγέλματα υγείας, μαθημάτων κατάρτισης και διδακτορικών σπουδών. Τα προγράμματα σπουδών γενικής ιατρικής και οδοντιατρικής προσφέρονται είτε στη σλοβακική είτε στην αγγλική γλώσσα. Η εκπαίδευση νέων επιστημόνων λαμβάνει τη μορφή διδακτορικών σπουδών, η οποία έχει δύο μορφές: καθημερινή και εξωτερική. Η Ιατρική Σχολή είναι ένα ίδρυμα δια βίου ιατρικής εκπαίδευσης.

Καθ’ όλη τη διάρκεια του εκσυγχρονισμού της, η Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Comenius της Μπρατισλάβας έχει επικεντρωθεί στην εξεύρεση του δικού της δρόμου με υψηλό βαθμό ευθύνης για την ποιότητα της εκπαίδευσης που παρέχεται στους νέους γιατρούς κατά τη διάρκεια της διαδικασίας μετασχηματισμού της. Οι βασικές δραστηριότητες της Ιατρικής Σχολής περιλαμβάνουν τη βελτίωση της ποιότητας της επιστημονικής παραγωγής και των διδακτορικών σπουδών, την αύξηση του αριθμού των αλλοδαπών φοιτητών, την αύξηση του μεριδίου των κονδυλίων επιχορήγησης στον προϋπολογισμό και τη βελτίωση των κτιριακών της χώρων.

Οι εισαγωγικές εξετάσεις αποτελούνται από ένα τεστ πολλαπλής επιλογής στη Βιολογία και ένα στη Χημεία. Όλοι οι υποψήφιοι που θα συγκεντρώσουν 60% και άνω θα γίνουν δεκτοί στο Πανεπιστήμιο.

Τα μαθήματα Γενικής Ιατρικής και Οδοντιατρικής διαρκούν 6 χρόνια και τα δίδακτρα για τη Γενική Ιατρική είναι 12.200 ευρώ και για την Οδοντιατρική 12.500 ευρώ.